Le territoire du loup s’étend sur de très vastes surfaces (de 150 à 300km²). Le suivi de la population en France a été mis en place dès 1992, date de la première détection de l’espèce sur le territoire (Mercantour). La population est estimée chaque année par l’Office Français de la Biodiversité qui applique un protocole rigoureux, en lien avec un important réseau multi partenarial.

Au sein de la Réserve naturelle, c’est en 2019 qu’a commencé un suivi plus poussé et spécifique de l’espèce.

L’estimation de la population nécessite un lien important avec les structures françaises et suisses suivant l’espèce sur le reste du massif jurassien.